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CPHI制藥在線 資訊 sdsmliao 建立評估模型判斷合成生物學項目離產業(yè)化有多遠

建立評估模型判斷合成生物學項目離產業(yè)化有多遠

作者:sdsmliao  來源:CPHI制藥在線
  2025-02-28
合成生物學項目具多領域應用優(yōu)勢但面臨產業(yè)化挑戰(zhàn),可從三個維度構建量化評估模型判斷其產業(yè)化進程,且隨協同發(fā)展項目有動態(tài)突破與推進。

產業(yè)化

合成生物學是一門通過設計、改造或重構生物系統(如基因、代謝通路、細胞等)來賦予其新功能的交叉學科,其核心是將工程學理念引入生物學,構建“設計-構建-測試-學習”的閉環(huán),開發(fā)可預測、可編程的生物系統。自21世紀初以來,基因編輯技術迭代發(fā)展、DNA合成成本斷崖式下降和大量的自動化平臺公司建立與發(fā)展,促使合成生物學項目從實驗室到產業(yè)化。合成生物學項目2023年全球市場規(guī)模超200億美元,中國占比近15%,年均增長率超過20%。技術突破與產業(yè)需求共同驅動了合成生物學項目多樣化發(fā)展。

合成生物學項目通過綠色制造路徑替代傳統高污染、高耗能產業(yè)方面日益顯示出優(yōu)勢。弈柯萊生物生物合成四氟吡啶項目,替代傳統需使用氰化物的化學法,反應步驟從8步縮短至3步,廢水排放減少90%。藍晶微生物的沒藥醇,作為高端香料,替代德國德之馨。昌進生物的乳清蛋白可以替代進口乳清粉、微構工場與藍晶微生物的PHA,作為可降解塑料,替代石化不可降解塑料。

合成生物學項目在解決資源短缺、效率提升方面效果顯著。中科院青島能源所的β-欖香烯(抗癌藥物)技術,將生產周期從植物種植提取工藝的3年壓縮至微生物合成的7天;華熙生物人參皂苷項目,通過改造酵母菌合成生產,成本降低至傳統植物提取工藝的1/5,純度提升至98%。

合成生物學項目在解決環(huán)境污染,推動碳中和也有應用落地。凱賽生物蛋白飼料項目,利用秸稈纖維素合成單細胞蛋白飼料,每噸產品可減少2.5噸CO2的排放;首鋼朗澤工業(yè)廢氣回收項目,實現以CO?為原料,通過微生物轉化為乙醇,現實年產5萬噸甲醇的規(guī)?;慨a。

合成生物學項目在醫(yī)療健康中潛力也巨大。Amyris酵母合成的青蒿素,用于治療間日瘧,耐氯喹的重癥惡性瘧和腦型瘧;浙江醫(yī)藥發(fā)酵生產的β-胡蘿卜素,有保護視力、增強免疫力、促進生長發(fā)育以及維持皮膚健康的功效。

盡管合成生物學發(fā)展前景廣闊,有“萬物皆可合成生物”之勢,但目前來看,合成生物學項目仍面臨多重挑戰(zhàn),技術層面,基因回路穩(wěn)定性不足、代謝通路效率低;生產層面,工藝放大后的成本失控,產物分離純化難度高;商業(yè)層面,與傳統化學法的成本競爭、市場接受度不足。這些問題構成合成生物學項目從實驗室到工廠的“死亡之谷”。

那么如何判斷合成生物學項目離產業(yè)化有多遠?

筆者認為,合成生物學項目的產業(yè)化進程需考慮技術可行性、生產可控性、商業(yè)合理性三個方面,可以在這三個維度下設立獨立的核心指標,嘗試性地構建量化評估模型來判斷合成生物學項目離產業(yè)化有多遠。

一、技術可行性維度

技術可行性維度,也指技術的成熟性,即從“能用”到“好用”的跨越。包括改造菌株的穩(wěn)定性與發(fā)酵工藝的可行性兩個方面。
合成生物學的核心是“細胞工廠”,但突變可能使編輯的目的基因在傳代中失活,代謝負擔與原有代謝失衡導致菌種性能衰退。Zymergen公司產油酵母項目,最初實驗室階段產油率達30%,但在連續(xù)傳代50次后產油率下降至5%,最終因改造菌株穩(wěn)定性不足而項目失敗。后來采用“基因組安全港”技術,結合適應性進化篩選,使菌株穩(wěn)定性提升至200代以上而項目成功。

在改造菌株的穩(wěn)定性方面,可以考慮設立傳代穩(wěn)定性(Passage Stability, PS)與遺傳漂變率(Genetic Drift Rate, GDR)兩個量化指標。將傳代穩(wěn)定性(PS)定義為連續(xù)傳n代后目標產物產率下降率;遺傳漂變率(GDR)定義為工程菌基因組非目標突變頻率。并根據具體項目的特點設定標準,如建議PS小于10%,GDR小于1e-6/代。如前文中Zymergen公司產油酵母最初的PS達83%時項目失敗,而后PS控制在8%左右項目成功。
可行性的另一方面包括技術方案放大的穩(wěn)定性。實驗室小試設備與產業(yè)化大發(fā)酵罐的環(huán)境差異極大,溶氧量、剪切力、補料策略等因素均影響產物表達。上海某企業(yè)微生物合成蝦青素項目,在小發(fā)酵罐時產率達2g/L,放大至工業(yè)10噸罐放大過程中,最初因溶氧、補料分布不均觸發(fā)乙酸合成途徑,抑制目標產物,導致產率不足0.5g/L而失敗。后來通過計算流體力學模擬優(yōu)化罐體結構,對發(fā)酵罐體及攪拌進行改造,并采用在線溶氧探頭動態(tài)調節(jié)補料策略,使產率提升至1.8g/L。

在發(fā)酵工藝的可行性方面,驗證設備的溫度均一性,傳質傳熱均一性,計算及控制線性速率外,可以考慮設立溶氧控制精度(DO Control, DOC)與碳源轉化率(Carbon Conversion Rate, CCR)兩個量化指標。并將溶氧控制精度(DOC)定義為DO的波動范圍,碳源轉化率(CCR)定義為起始碳源到目標產物的轉化率。并根據具體項目的特點設定標準,如建議DOC在±5%以內判定為優(yōu)。如前文中微生物合成蝦青素項目,最初觸發(fā)乙酸合成的原因是10噸罐攪拌死角導致DOC大于±30%,采用多層徑向流攪拌槳后,DOC優(yōu)化至±4%。

二、生產可控性維度

生產可控性維度,也指產業(yè)規(guī)?;?,即從“克級”到“噸級”的質變。包括工藝放大參數化與產品純化可行性兩個方面。
從實驗室到中試再到量產,需建立可控的數學模型,但放大過程是非線性的,這常導致項目失敗。華恒生物丙氨酸項目,實驗室使用50L罐時通過pH7.0均質控制實現高產,在放大至1000L罐時因未考慮非均質體系的pH梯度分布,導致局部過酸引發(fā)產物結晶堵塞管路;乳酸積累觸發(fā)菌體應激反應。之后開發(fā)“分段調控”模型:前24小時維持pH7.0促進菌體生長;24小時后梯度降低pH至6.5誘導產物合成,最終解決。

在工藝放大參數化方面,可以考慮設立體積氧傳質系數(kLa)下降率與代謝熱移除效率(Heat Removal Efficiency, HRE)兩個量化指標,計算放大后kLa下降率與代謝熱移除效率(HRE)。并根據具體項目的特點設定標準,如建議KLa下降率大于20%時,需要更換攪拌或者改變攪拌電機甚至改造發(fā)酵罐體;HRE小于500W/m3時,需要考慮增強冷熱交換。如前文華恒生物丙氨酸項目,最初1000L罐的kLa下降率為35%,導致溶氧不足觸發(fā)乳酸積累。而后通過更換攪拌,改造發(fā)酵罐體,優(yōu)化轉速至220 rpm,kLa僅下降18%。凱賽生物長鏈二元酸項目,采用外循環(huán)冷卻系統,HRE達到800 W/m3,滿足了放大后菌體熱應激問題,12萬噸級工廠單罐批次成功率達99%。

可控性的另一方面包括下游分離方案的實踐性與分離成本的可控性。合成生物學有些項目下游分離成本可以占生產總成本的60%以上,尤其對如低濃度的酶制劑。諾維信纖維素酶項目,最初因發(fā)酵液粘度高無法直接過濾,需添加高價絮凝劑,且無法高效去除宿主細胞蛋白殘留,導致產品純度不達標而項目失敗。后改用自分泌疏水肽標簽(HP-tag),通過基因編輯使酶蛋白C端連接疏水肽段,發(fā)酵后通入氮氣形成泡沫,使酶自動吸附至氣液界面,刮取泡沫即可獲得純度大于95%的產品,節(jié)省離心、層析等步驟成本,使純化成本降低40%。

在產品純化可行性方面,可以考慮設立產物濃度(Product Titer, PT)與單位純化成本(Purification Cost, PC)兩個量化指標。產物濃度(PT)指發(fā)酵液目標產物的濃度;單位純化成本(PC)指每單位產物的分離成本。并根據具體項目的特點設定標準,如建議PT大于10g/L;PC小于50美元/kg。前文終諾維信纖維素酶項目,最初PT僅8g/L,傳統離心加層析工藝使PC高達120美元/kg,所以項目失敗。而后引入自分泌疏水肽標簽(HP-tag)泡沫分離技術,PT提升至25g/L,PC降至45美元/kg后項目成功。

三、商業(yè)合理性維度

商業(yè)合理性維度,也指產品替代性,即從“技術優(yōu)勢”到“市場統治”的終極考驗。包括新需求與孵化性,產品性能與技術壁壘兩個方面。

合成生物學項目的產品需明確替代與創(chuàng)造市場。角鯊烯傳統來源于鯊魚肝提取,Amyris的生物合成角鯊烯項目,因產品滿足美妝發(fā)展需求,其上馬后就迅速打開市場而成功,2022年占據全球30%市場份額。麥角硫因傳統來源于蘑菇提取,華熙生物的微生物合成麥角硫因項目,其產品純度從85%提升至99%,滿足美妝高端需求,其上馬后就迅速打開市場而成功,2023年市占率超50%,成為雅詩蘭黛抗衰新品核心成分。與之相反的,Amyris前期的生物柴油項目雖可替代石化柴油,但因頁巖油革命原油價格2014年從100美元/桶跌至30美元/桶使石化柴油約800美元/噸,而導致失敗。

在新需求與孵化性方面,可以考慮設立替代成本閾值(Replacement Cost Threshold, RCT)與政策激勵效應(Policy Multiplier, PM)兩個量化指標。定義替代成本閾值(RCT)為生物法產品價格與傳統法產品價格的比值;政策激勵效應(PM)為政府補貼與激勵對成本競爭力的提升幅度。并根據具體項目的特點設定標準,如建議RCT低于160%,PM大于1.5。前文中華熙生物的微生物合成麥角硫因項目,產品價格從5000美元/kg降至800美元/kg時RCT=160%,政府補貼與激勵PM=1.8而成功;而Amyris前期的生物柴油項目,產品成本3000美元/噸,其RCT=375%而失敗。

商業(yè)合理性維度的另一方面是產品性能與技術壁壘,需考慮構建“性能+成本+合規(guī)”三位一體的壁壘,與合理的專利布局。Bolt Threads的合成蜘蛛絲強度為鋼的5倍,遠超尼龍的強度,幾乎在高端防彈材料市場領域形成壟斷;凱賽生物長鏈二元酸(DC12~DC18),通過其熱帶假絲酵母突變菌株、生產工藝等專利而壟斷全球80%市場,項目都非常成功。與之相對的,部分聚乳酸企業(yè)項目因無法突破D-乳酸含量控制技術,產品性能遜于石油基PET而陷入價格戰(zhàn)。

在產品性能與技術壁壘方面,可以考慮設立性能溢價率(Performance Premium, PP)與專利覆蓋率(Patent Coverage, PC)兩個量化指標。將性能溢價率(PP)定義為生物產品性能優(yōu)勢帶來的溢價空間;專利覆蓋率(PC)定義為核心菌種、工藝專利數。并根據具體項目的特點設定標準,如建議PP大于30%、PC大于20個。前文中凱賽生物長鏈二元酸項目,PP達50%,PC=142個而壟斷市場;部分聚乳酸企業(yè)項目PP較小而陷入價格戰(zhàn)。  

綜上,個人設想從三個維度,六個方面,設立十二項量化指標,建立評估模型,其閾值可以先是定性用于評估,逐步細化到后面可以通過測量定量用于賦分,給每個項目建立一個評估模型??稍陧椖垦邪l(fā)時,依據此評估模型直觀揭示項目的短板,如PHA項目需降低PC至20美元/kg;可在項目中試時,依據此評估模型分配資源,如是優(yōu)先攻關KLa下降率還是PS;還在項目放大時,依據此評估模型進行風險預警,如根據PP判定是否需重新定位市場以避免成為“平庸替代品”。這樣對于具體的合成生物學項目,是否就可以判斷其離產業(yè)化有多遠?

更進一步地考慮到,隨著技術、產業(yè)與社會的協同發(fā)展,下一步合成生物學項目會爆發(fā)式增加。在此背景下,我們無需再立于某個固定點,可以以再豐富或者更廣闊的視野去判斷一些項目,這樣建立起動態(tài)的評估模型來判斷合成生物學項目離產業(yè)化有多遠。

如AI優(yōu)化代謝通路,通過機器學習預測青蒿素合成途徑的限速酶,改造后產率可再提升,成本仍有非常大的下降可能。中科院青能所在對萜類合成進行的策略優(yōu)化、底盤優(yōu)化,法尼烯等倍半萜烯項目PT指標提升明顯,使項目離產業(yè)化距離拉近。

如新裝備應用,提升交換與反應效率,降低放大風險。光-生物耦合反應器可再次提升藻類固碳效率,“氣液雙循環(huán)”反應器可使CO2制乙醇項目產能提升,膜分離-發(fā)酵耦合系統實現PHA的連續(xù)發(fā)酵-提取,而降低PHA類項目的PC指標。

如政策驅動可使項目從被動合規(guī)到主動引領。周子未來的細胞培養(yǎng)肉獲準進入預制菜供應鏈試點,并通過“透明工廠直播+科普營銷”將消費者接受度從2022年的37%提升至2024年的65%,會顯著降低項目RCT的指標。深圳設立合成生物學專項基金(首期30億元),對中試線建設補貼50%;江蘇對合成生物學企業(yè)給予設備投資30%補貼,山東設立100億元生物制造基金,并設立合成生物學“負面清單豁免”試點,允許企業(yè)在封閉園區(qū)內開展如乙醇梭菌工程菌中試;浙江對生物制造企業(yè)給予增值稅“三免三減半”優(yōu)惠,等等政策激勵會顯著提升區(qū)域項目的PM指標。

總之,合成生物學項目的產業(yè)化,本質是技術可行性、生產可控性、商業(yè)合理性的三維發(fā)展,只有在這三個維度均跨越臨界點的項目,才能最終走出實驗室,重塑產業(yè)格局。隨著技術、產業(yè)與社會的協同發(fā)展,很多合成生物學項目都會有動態(tài)突破。在高附加值產品方向,如抗癌藥物類,稀有香料類項目,在碳中和剛需方向,如生物燃料類,CO2轉化類項目,在顛覆性材料方向,如自修復生物塑料類,活體功能材料類項目等實現產業(yè)化推進,動態(tài)評估模型可以判斷它們離產業(yè)化有多遠。

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sdsmliao
高級工程師,生物技術專業(yè),在工藝技術創(chuàng)新路上摸爬滾打近20年,曾獲得“十佳”、“優(yōu)秀”科技工作者等榮譽,獲得多項工藝方面的發(fā)明專利。經歷工段長、車間主任、車間工藝員、公司技術主管、質量主管、技術主任、技術副總等崗位;經歷車間轉產及擴產改造,經歷項目放大到大生產技術轉移,經歷新項目的設計與建設,經歷新公司的籌建。目前深耕項目放大方向萜烯類放大項目。
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